976 belehnte der deutsche Kaiser die Babenberger mit der Ostmark, einem großen Teil des heutigen Niederösterreichs. Die Babenberger schlugen ihre Residenz in Melk auf und Übernahmen den Schutz über die Donau und ihrem Land. Nach und nach rangen die Babenberger den räuberischen Ungarn immer mehr Boden ab. Dadurch verloren sie das Donautal aus ihrem Blickreis und übertrugen den Donauschutz dem Geschlecht der Kuenringer, die bald großen Einfluss genossen.
Nizzo von Gobatsburg erbaut von 1100 bis 1113 die Burganlage Aggstein. Sie sollte den Kaufleuten Schutz sein, wurde aber schließlich zum Gegenteil.
Mit dem Besitz war nämlich auch das Mautrecht auf der Donau verbunden. Wegen dieser Donaumaut gab es manchmal Streit mit den Landesherren, in dessen Folge die Burg zweimal erobert und teilweise zerstört wurde. Dadurch zwei Jahrhunderte blieb dann Aggstein im Zustand des13. Jahrhunderts.
Wenn man die Lage der Burg und die Art ihrer geschickt angelegten Verteidigungswerke betrachtet, kommt man zu dem Schluss, dass diese bei umsichtiger Verteidigung nur durch Aushungerung oder bei Versiegen der Verteidigungsmittel einnehmbar war.
Hadmar III hielt Aggstein für uneinnehmbar und trotzte dort der Macht des Landesherren. Nach dem Aussterben der Kueringer, Leoplold II war der letzte Kueringer und besaß von 1348 - 1355 die Burg, wurde sie 1429 an Jörg Scheck vom Wald übergeben, der jedoch später zum Raubritter wurde und die Donaufahrt der Kaufleute zur Qual machte. Aus dem Scheck vom Wald wurde der "Schreckenwald". Alle Schiffe, die donauaufwärts fuhren, mussten Jörg eine Maut entrichten. Aus dieser Zeit stammt auch die Sage um das Rosengärtlein. Wer nicht einen qualvollen Tod sterben wollte, sprang in die Tiefe.
1463 eroberte Georg von Stain im Auftrag des Herzogs die Burg, um die Ordnung wieder herzustellen. Der Eroberer vollzog ein fürchterliches Strafgericht. Er behielt Aggstein als Pfand, da sein Herzog bei ihm in Geldschulden stand. Georg von Stain tat dann selbst, was er vorher bekämpfte 1529 brannte eine osmanische Schar die Burg Aggstein nieder. 1606 entstand die Feste unter Anna von Pollheim wieder. Das neue Gebäude nahm im 30jährigen Krieg die Bevölkerung der Umgebung auf, als feindliche Krieger durch das Donautal zogen. 1685 gingen Aggstein in den Besitz des Verteidigers von Wien, Graf Rüdiger von Starhemberg, über. Seit dieser Zeit setzte der Verfall der Mauern ein. Man holte Steine und Gebälk heraus, um das Kloster Langegg aufzubauen. Als Ruinen, Überreste der Gotik, ragen die Steinwände heute in den Himmel. Es sind also geschichtlich vier Belagerungen der Burg nachgewiesen und zwar:
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Die zur Zeit Hadmar III, des "Hundes von Kuering" (1231)
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die, als Leopold I von Kuenring Bauherr war (1296)
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jene zur Zeit des Georg Scheck vom Wald (1463) und
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die, als Georg von Stain (1467) die Burg besaß.
In der Geschichte wird nirgends erwähnt, dass die Burg mit stürmender Hand genommen wurde. Es führten wahrscheinlich andere Ursachen zur Einnahme und es kann die Äußerung von Hadmar III, dass seine Burg durch Waffengewalt uneinnehmbar wäre, als begründet angenommen werden.
1819 verkauften die Starhembergs den Besitz an die Grafen von Beroldingen, die ihn wiederum 1930 an Oswald Grafen von Seilern und Aspang verkauften. Erst nach dem zweiten Weltkrieg konnten Erhaltungsarbeiten in Angriff genommen werden, um den weiteren Verfall der Burg zu verhindern.
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