Besiedlung: von ca. 1000 v. Chr. bis Christi Geburt durch Kelten, anschließend Römer, die die Kelten unter ihre Herrschaft brachten, 1804 und 1857 wurden römische Münzen gefunden. Der Eingang des Aggsbachtales war durch Befestigungen geschützt, Römerstraßen führten nach Maria Langegg und weiter nach Mautern (der großen Festungsstadt Favianis) sowie nach Mauer, einer ebenfalls befestigten Siedlung mit noch erhaltener Römerbrücke, eine weitere vielleicht auch den Mitterbachgraben hinauf. Die heutige B33 wurde erst im 19. Jahrhundert durchgängig gemacht.
Nach der Aufgabe des Gebietes durch die Römer (ab ungefähr 500) Germanen, Slaven, Awaren. Das Nibelungenlied erinnert an diese unruhige Zeit, der Zug der Nibelungen bewegte sich von Pöchlarn über Melk durch die Wachau nach Ungarn.
791 unterwarf Karl der Große die Awaren, das Wachauer rechte Donauufer gehört zum Kerngebiet der karolingischen Mark mit den Grafschaften Lorch, Ybbs und Mautern.
Nach 907 begannen die Einfälle der Magyaren. 933 und 955 (Kaiser Otto I.) besiegten deutsche Ritterheere die Magyaren, die sich nach Ungarn zurückzogen. Mit der Gründung der ottonischen Ostmark kehrten wieder ruhigere Zeiten in der Wachau ein.
Um 830 in einer Urkunde von König Ludwig dem Deutschen erstmals genannt als "Accusabah". Der Name stammt vielleicht aus dem keltischen (achis= fließendes Wasser, vielleicht wurde der Name auch von den Römern latinisiert). Die Urkunde von 830 stammt von König Ludwig und war für das Kloster Nieder Altaich bestimmt. Dieses sandte Mönche in unsere Gegend, die damals von Awaren besiedelt war. Die Altaicher Mönche wußten wahrscheinlich nicht, daß achis ohnehin Wasser bedeutete und haben vielleicht "Bach" zusätzlich angefügt.
Nach anderen Meinungen kann Aggsbach auch von "accusa", lat. Axt hergeleitet sein. Der Dunkelsteinerwald hieß bis ins 19. Jahrhundert Aggswald.
Manegold von Aggsbach aus einem Ministerialengeschlecht ist Gutsherr in Aggsbach und Lehensherr des bayrischen Herzoges. Auch Kuenringer finden sich unter den Besitzern. Im 14. Jahrhundert heiratete die Erbtochter Anna von Kuenring Heidenreich von Maissau, den obersten Mundschenk und Marschall von Österreich und bringt das Gut Aggsbach in die Ehe mit. Die beiden sind die Stifter der Kartause Aggsbach.
In Aggsbach stießen mehrere Pfarren zusammen: der Bereich an der Donau bis Aggstein gehörte zur Pfarre Spitz, der untere Teil von Aggstein zu St. Michael. Andererseits war der Aggsbach die Grenze der Pfarre Mautern, von der die Pfarre Gansbach (bis Wolfstein) ausgegliedert wurde. Aus der ebenfalls bis zum Aggsbach reichenden Mutterpfarre Melk wurde die Pfarre Gerolding ausgegliedert.
Die Ufersiedlung hatte ein eigenes kirchliches Zentrum, die Kapelle St. Nikolaus, die angeblich 400 Leute fassen konnte. Bei einer Überschwemmung 1787 wurde sie so schwer beschädigt, daß sie abgerissen wurde.
1652, im Zeitalter der Gegenreformation, ließ der Schloßherr von Schönbühel, der ehemals protestantische und dann zum Katholizismus konvertierte Konrad Balthasar Graf Starhemberg, einen Kreuzweg von dem von ihm gegründeten Kloster Schönbühel nach Maria Langegg errichten, der die beiden Servitenklöster verband.
1781/82 wurde die Kartause durch ein Dekret von Kaiser Josef II. aufgehoben (ebenso wie die Kartausen Mauerbach und Gaming sowie insgesamt etwa ein Drittel der Klöster Österreichs, vorwiegend die der kontemplativen Orden). Das Vermögen fiel an den neugegründeten Religionsfonds, das Gut wurde unter staatliche Verwaltung gestellt. Die Mönchszellen wurden abgetragen, Wohnungen und Kanzleien im Kloster eingerichtet. 1784 wurden die Orte Aggsbach, Aggstein, Wolfstein und Gschwendt zur Pfarre Aggsbach vereinigt, die Klosterkirche wurde Pfarrkirche. Die an der Donau liegende Kirche St. Nikolaus wurde 1787 durch eine Überschwemmung beschädigt und abgetragen.
1790 wurde das Gut an die Schiffmeisterswitwe Anna Maria Wimmer verkauft. Nach ihrem Tod (wiederverehelichte Weiler) ging das Gut an ihren Sohn aus erster Ehe, Josef Wimmer.
Zitat aus der Darstellung des Erzherzogtumes Österreich unter der Enns, Viertel ober dem Wienerwald:
Aggsbach umfaßt 52 Häuser, 62 Familien, 135 Männer, 162 Frauen, 64 schulfähige Kinder, einige Bauern, sonst Kleinhäusler, Holzfäller, Händler und Schiffsleute, es gibt einige Weingärten, Obst (besonders Äpfel und Pflaumen).
Der Ort Aggsbach liegt in einem schönen, romantischen Tal, die Häuser sind meist mit Schindeldächern gedeckt. Der Aggsbach, Gansbach und Mitterbach vereinigen sich, an diesem vereinigten Bach stehen ein Eisenhammer, weiter draußen zu beiden Seiten ein Mühlwerk, die Fischerei (schmackhafte Forellen) gehört der Herrschaft Aggsbach, ebenso die Jagd. Bedeutende Wälder und Berge, die höchsten sind Polakenkopf, Syll und Gschwendt, die mit Buchen, Eichen, Fichten, Kiefern und Tannen bewachsen sind. Das Klima ist gut und das Wasser vortrefflich.
Das herrschaftliche Schloß ist von einer hohen, stellenweise mit schon meist verfallenen Türmen besetzten Mauer umgeben, die auch die vor und hinter desselben liegenden Gärten einschließt, in denen nicht nur gute und edle Sorten Obst angetroffen werden, sondern auch ein vorzüglicher Spargel, der nicht selten 10-12 Loth wiegt. Hier standen ehemals die 18 (Anm: in Wirklichkeit 12) Wohnungen der Kartäusermönche, die aber niedergerissen wurden, Erde aufgeschüttet und ein Obst- und Küchengarten gebildet wurde. Das Schloß war früher das alte Kloster, ein aus Zubauten verschiedener Zeitperioden bestehendes vielseitiges Gebäude, es enthält ein Stockwerk, etliche 30 schöne Zimmer und ist durchgehend mit Ziegeln gedeckt, hat drei Höfe, worunter der mittlere der größere ist, in welchem sich der Kreuzgang mit der anstoßenden Kirche befindet. Besonders schön ist die herrschaftliche Kanzlei im oberen Stockwerk, welche gewölbt ist, das ehemalige Kartäuserrefektorium, darin auf einer Wand die beiden Stifter des Klosters, die Herren von Maissau, im Wams als Brustbilder in Freskomalerei dargestellt sind.
Bemerkenswert ist der in der Mitte des Ortes gelegene mit Ziegeln gewölbte herrschaftliche Keller von 20.000 Eimern, der ein eigenes Kellerhaus bildet, das auch als Wohnung dient.
Neuer Besitzer ab 1856: Graf Collorede Wallsee.
1862 Überschwemmung der Donau, größte Wasserhöhe seit 1787 bis zum Gemeindehaus von Aggsbach reichend, mit einer Wasserhöhe bei den Häusern an der Donau von 2 Klafter 3 Zoll. Große Schäden.
Neuer Besitzer ab 1873: Graf Falkenhayn.
Der Pfarrhof wird aus dem Gutshof (heute Forsthaus) in die Kartause verlegt.
1875-1909 Waldbauschule in der Kartause.
Seit 1877 Schiffstation Aggsbach.
Beides steht im Zusammenhang mit der großen Bedeutung der Forstwirtschaft für den Ort. Das Holz (insgesamt 8000 - 10000 Klafter pro Jahr) wurde den Bach abwärts bis zur Donau geschwemmt und dann auf Flößen oder Schiffen abtransportiert.
1882 wärmster Winter seit 1813, im April sehr kalt.
1886 verstarb Pfarrer Franz Hofstätter im Alter von 77 Jahren, war 34 Jahre Pfarrer.
1891 Einweihung der neuen Schule. Die Schulkinder erhielten eine Erfrischung auf Gemeindekosten im Gasthaus Paretschneider. Die alte geteilte einklassige Schule im Schloß war zu klein geworden, so wurde das sog. Wagnerhäusel samt Grund gekauft um 3000 Gulden, der Neubau kostete 9000 Gulden.
1892 der Kirchturm wird mit Zinkbleck eingedeckt. Kronprinzessin Erzherzogin Stephanie auf der Durchreise in Aggsbach.
1893 wird die freiwillige Feuerwehr auf Anregung des Bürgermeisters Franz Paretschneider gegründet.
Die letzte Falkenhayn, Gräfin Marie Besitzerin.
1941 Hochwasser mit schweren Verwüstungen
1947 notarielle Schenkung der Herrschaft Aggsbach durch Gräfin Falkenhayn an die St. Petrus Claver Sodalität in Salzburg.